De betrokken waterschappen moesten door de grote hoeveelheid blauwalgen maatregelen nemen voor de zoetwatervoorziening van de aangrenzende poldergebieden. Zo heeft waterschap Brabantse Delta zijn inlaten langs het Schelde-Rijnkanaal al eind juli gesloten. Vanaf toen werd water in de polders van Nieuw-Vossemeer ingelaten via een noodpompopstelling bij de Heense Haven. Ook in de Binnenschelde in Bergen op Zoom is vanaf die tijd geen water meer ingelaten. In de laatste weken van de zomer was het resultaat een aanzienlijke peilverlaging op de Binnenschelde. Hierdoor vielen ondiepe delen van het meer droog. De Binnenschelde is populair bij recreanten. Zij konden ondanks het lagere peil nog steeds zonder overlast recreëren in het gebied.
Maatregelen varieerden per waterschap
Waterschap Hollandse Delta heeft begin september de inlaten van het aangrenzende Oost-Flakkee gesloten. Dit was laat in het groeiseizoen, maar toch was het nodig om met behulp van noodpompen een alternatieve aanvoerroute vanuit het Haringvliet in te richten. Waterschap Scheldestromen heeft geen mogelijkheid tot noodalternatieven zoals Hollandse en Brabantse Delta dat hebben. Waterschap Scheldestromen heeft alle inlaten gedurende het hele jaar open gehouden. Ook hier was blauwalg aanwezig nabij de inlaten. Maar omdat de inlaten vrij diep onder het wateroppervlak steken, konden de drijflagen, die zich aan het wateroppervlak bevinden, toch buiten de polder gehouden worden.
Weer op peil
De eerste helft van september was nog zeer warm en droog. Na 19 september daalde de temperatuur en nam de overlast door de blauwalg af, ook door de toename in neerslag. Hierdoor konden de inlaten in september weer worden geopend. De Binnenschelde is inmiddels weer op peil. In september was de grond nog erg droog. Omdat dit tot schade kan leiden bij het oogsten, zetten landbouwers beregeningsinstallaties in. Vanaf begin oktober gebeurde het inlaten van water weer met water vanuit het Volkerak-Zoommeer. Op dat moment was er door neerslagoverschot en omdat de gewassen inmiddels waren gerooid, geen behoefte meer aan extra aanvoer.
Monitoring en onderzoek
Rijkswaterstaat voert in de zomer en nazomer frequent vluchten uit om de ontwikkeling van blauwalg door de tijd heen op het Volkerak-Zoommeer te volgen. Ook wordt de ontwikkeling van de Quaggamossel gevolgd. Uit de resultaten van de bemonstering in 2016 blijkt een afname van de mosselen vergeleken met vorig jaar (zie onderstaande figuur). Ondanks aanwezigheid van een mosselpopulatie blijft blauwalgenoverlast optreden. Om de ontwikkelingen in het Volkerak-Zoommeer goed te kunnen volgen, blijft monitoring van belang.