Al sinds de vorming van het zoete Volkerak-Zoommeer is de waterkwaliteit onstabiel door een overmaat aan nutriënten en onvoldoende verversing van het water. Er zitten hoge concentraties fosfaat en stikstof in het water. Het fosfaat komt vrij uit de oude zeebodem. Stikstof en fosfaatrijk water komen van omringende landbouwgronden en het aangevoerde water vanuit het Hollands Diep en de Brabantse rivieren Mark en Vliet. Bij hoge temperaturen in de zomer, heeft dit een explosieve algengroei tot gevolg.
Beperkte overlast door blauwalgen
Blauwalgen zorgen ieder jaar voor overlast in het Volkerak-Zoommeer. De alg die gekenmerkt wordt door de blauwgroene laag op het water, vormt gezondheidsrisico’s voor mensen en dieren. Rijkswaterstaat nam sinds begin juli blauwalgen waar in het Volkerak-Zoommeer. Toch was er lange tijd geen sprake van overlast, de overheersende noordenwind droeg hieraan bij. Grote concentraties blauwalgen bleven weg van overlastgevoelige locaties zoals Tholen, Oude-Tonge en Ooltgensplaat. Rond half augustus draaide de wind naar het zuidwesten en hierdoor nam de overlast hier toe. Zo sloot Ooltgensplaat eind augustus tweemaal de keersluis in het toegangskanaal om visuele en stankoverlast voor omwonenden en bezoekers van de haven te voorkomen.
Quaggamossel zorgt voor helder water
De quaggamossel, een exoot die sinds een aantal jaar in het Volkerak-Zoommeer voorkomt, heeft een positief effect op de waterkwaliteit. Zo filtert deze soort blauwalgen en andere algen uit het water. Door de aanwezigheid van de quaggamossel is het doorzicht in het meer verbeterd. Dit heeft echter ook een keerzijde. De plantengroei is afgelopen jaren toegenomen, wat tot overlast leidde voor de recreatievaart: planten bleven aan kielen en roerbladen hangen en kwamen in de schroeven terecht.
Chloridegehalte beneden de norm gebleven
In het voorjaar en de zomer van 2018 nam Rijkswaterstaat diverse extra maatregelen om het chloridegehalte van het Volkerak-Zoommeer op peil te houden. Voorafgaand aan het groeiseizoen werd extra gespoeld met rivierwater uit het Hollands Diep om te voorkomen dat het chloridegehalte te ver zou oplopen. Ook tijdens het groeiseizoen werd het doorspoelen voortgezet en is bij Bath vrijwel dagelijks gespuid op de Westerschelde. Hierdoor en door het afsluiten van vier van de zes kokers van de sluis met droogzetschuiven, is het zoutlek door de Bathse Spuisluizen vrijwel het gehele groeiseizoen bestreden. Alle maatregelen hadden succes. Vrijwel het hele groeiseizoen is het chloridegehalte onder de in het waterakkoord afgesproken waarde van 450 mg/l gebleven.
Zoetwatervoorziening
Afgelopen zomer heeft ook laten zien dat het Volkerak-Zoommeer geen zoetwatervoorraad is, maar een voorziening die continu actief doorgespoeld moet worden om water van voldoende kwaliteit voor de landbouw te kunnen leveren. Doordat de rivierafvoeren niet onder de grens van 900 m3/s zijn gezakt (dankzij natter weer stroomopwaarts in Duitsland en verder) kon het Volkerak-Zoommeer blijven functioneren als zoetwatervoorziening. Er zijn echter jaren geweest (zoals in 2013) waarin dit niet het geval was. De efficiëntie van het Volkerak-Zoommeer als zoetwatervoorziening is lager dan in andere gebieden van Nederland: uiteindelijk is voor circa 1 liter effectief toe te passen water in de landbouw 50-100 liter water uit het Volkerak-Zoommeer nodig. Voor peilbeheer in de poldersloten is per liter 5-10 liter water nodig.
Innamestops
Door de aanwezigheid van blauwalgen in het Volkerak-Zoommeer waren er innamestops in de gebieden van waterschap Hollandse Delta en waterschap Brabantse Delta. Beide waterschappen hadden een alternatieve aanvoerroute van zoet water: Hollandse Delta haalde water uit het Haringvliet en Brabantse Delta uit het benedenpand van het Wilhelminakanaal en Hollands Diep. Waterschap Scheldestromen had geen alternatief en bleef (beperkt) water uit het Volkerak-Zoommeer innemen. Via de Volkeraksluis kon veelal voldoende water ingelaten worden om het chloridegehalte voldoende laag te houden. Wel is de sluis enkele etmalen gesloten geweest vanwege dreigende verzilting elders in de RijnMaasmonding door een combinatie van hoge zeewaterstanden en lage rivierafvoeren. Het chloridegehalte van het meer en de polderwateren werd (en wordt) dan ook goed in de gaten gehouden door het waterschap en de agrariërs.